موسسه راهبردی حق‌پژوهی تنها موسسه‌ای در مشهد است که به‌صورت تخصصی در حوزه فرق و ادیان فعالیت می‌کند. این موسسه از سال 89 در حوزه و فرقی چون صوفیسم، مسیحیت، عرفان‌های نوظهور، مهدویت، بهائیت و جریان‌های منحرف شیرازی و حجتیه آغاز به کار کرده است. در خصوص فعالیت‌های تخصصی موسسه حق‌پژوهی می توان گفت که تولید محتوا، مستندسازی، تولید پوستر و اینفوگرافی مجموعه فعالیت‌های موسسه است. از دیگر فعالیت‌های موسسه نیز می توان به سایت تخصصی فرقه نیوز اشاره کرد که محتوای آن بارگذاری اخبار و فعالیت‌های موسسه است.
برنامه‌های کاربردی موسسه حق‌پژوهی با توجه به توصیه رهبری در کاربردی کردن برنامه‌های فرهنگی برگزار می شود. در اینن حوزه علاوه بر محصولات پژوهشی موسسه، محصولات کاربردی نیز نظیر نرم‌افزار تولید می‌شود و همایش‌های علمی ازجمله همایش «تحجر آمریکایی» که پیرامون منشور روحانیت ابلاغی حضرت امام خمینی (ره) به روحانیت بود، هرسال سوم اسفند برگزار می‌شود. در نظر گرفتن گروه‌بندی‌های مخاطبان برای اجرای برنامه‌ها از جمله اقدامات موسسه است. موسسه حق‌پژوهی برای هر دو نوع مخاطب عام و خاص برنامه‌های منحصربه‌فردی دارد چراکه فرقه‌ها برای عموم جامعه برنامه‌ریزی می‌کنند.
از جمله چشم‌انداز و برنامه‌های آینده موسسه می توان به تولیدات چندرسانه ای در حوزه تخصصی فعالیت مجموعه اشاره کرد. در آینده تولیدات ویژه‌ای همچون مستند برای پخش و رسانه‌ای شدن از طریق رسانه ملی صداوسیما خواهیم داشت؛ همچنین برای جذب نخبگان اقدام به ایجاد پایگاه در شهرهای سراسر کشور را در دستور کار است.
